Патентно ведомство на Република България се ръководи от председател. Организационната структура на Патентно ведомство на Република България включва следните пет дирекции:
Дирекция "Административно-правни дейности и международно сътрудничество"
Дирекция "Финансови и стопански дейности"
Дирекция "Експертиза и закрила на изобретенията и промишлените дизайни"
Дирекция "Експертиза и опозиция на марките и географските означения"
Дирекция "Спорове и административнонаказателна дейност"
В Патентно ведомство на Република България работят 114 служители.